大陸から隔絶されてきた北大東島では、固有の動植物が今も息づいています。開拓の手を逃れた長幕周辺はシダ科の植物ヒメタニワタリや白い花を咲かせるハマオモトなど、貴重な植物が見られ、国の天然記念物に指定されています。長幕の内陸部にあるダイトウビロウ樹林は昼間でも薄暗く、開拓前の密林を思わせます。

　大東宮近くに新設された遊歩道を歩くと手つかずの自然を楽しむことができます。島を取り囲む北大東島の海は、ウミガメやここでしか見ることのできないミナミユウゼンなどが泳ぎ、春から夏にかけてはザトウグジラが回遊してくることもあり、運が良ければ岸辺からホエールウォッチングが楽しめます。

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